Bioinformatics Software Engineer (Genomics)

Почему рекомендуем

• Продукт в инновационной сфере IT Healthcare.
• Возможность создавать продукт, который меняет подход к лечению рака.

Чем предстоит заниматься

• Улучшение, поддержка существующих pipeline и рабочих процессов секвенирования ДНК, соответствующие рекомендациям CLIA и CAP для клинического анализа NGS.
• Разработка и проведение анализа для улучшения систем поиска вариантов (germline/somatic), классификации и анализа.
• Постоянное улучшение и обслуживание существующих pipeline.
• Разработка алгоритмов, используемых для понимания вариабельности рака посредством анализа данных NGS (WES/WGS), оценка и интеграция сторонних инструментов.
• Анализ больших данных по сотням и тысячам образцов для оценки точности и производительности алгоритмов коллинга мутаций.
• Непосредственное взаимодействие с лабораторией для оптимизации и валидации теста.
• Общение с внешними научными командами.
• Сотрудничество с учеными и клиницистами в разработке и проведении анализа данных клинического секвенирования опухоли с целью повышения качества лечения.

Кого ищут

• Знание английского не ниже Intermediate.
• Детальное мышление для работы с приложениями, которые напрямую влияют на здоровье реальных пациентов.
• Опыт в использовании version control and source code management systems (e.g. Git).
• Опыт работы с данными NGS.
• Свободное владение Python/R, Bash.
• Самостоятельно и хорошо работает в междисциплинарных командах (не значит, что они вас бросят, но прописывать каждый шаг в задаче они не будут; многие анализы являются уникальными и опыта их исследования в мире нет).

Будет плюсом:

• Amazon AWS.
• CI/CD.
• Docker или другая контейнеризация/виртуализация.
• Опыт использования workflow менеджеров, напрмер Airflow, Luigi, Nextflow/Arvados.
• Опыт программирования на C ++/Java.

Что предлагают

• Опыт работы в отрасли precision medicine.
• Гибкий рабочий график, возможность работать как в офисе, так и удаленно.
• Коллектив из выпускников лучших ВУЗов (МФТИ, МГУ, Первый мед, СколТех).
• Регулярный пересмотр оклада, ДМС, корпоративные скидки.
• Интересная работа и сложные задачи.
• Офис в пешей доступности от станции метро Павелецкая (сейчас на удаленном формате работы находится большая часть компании).